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Cuando el profesor Otto Lidenbrock descubre en el Viaje al centro de la tierra, de Verne, un pergamino con runas islandesas en un rarísimo libro de crónicas de príncipes, promete insensatamente no comer ni dormir en tanto no haya desvelado el mensaje cifrado que contiene. Se trata, claro está, de una novela, pero también de una época (el pergamino es medieval) en la que no era extraño confiar la encriptación a una simple transposición de letras. Desde hace siglos se evita cualquier sistema cuyo cifrado y descifrado no precise de alguna clave. El motivo es simple: si se depende sólo del procedimiento de codificación, éste quedará inutilizado al ser descubierto; lo cual es probable si debe ser compartido por muchos durante un tiempo prolongado. En cambio una clave (la llave) puede alterarse a voluntad con la frecuencia requerida, sin necesidad de inventar y explicar a los confidentes un nuevo algoritmo. Un espía requeriría estar continuamente informado de tales cambios.
No obstante, hay que reconocer la importancia histórica que estos procedimientos han tenido. Si descartamos la escritura jeroglífica egipcia, el primer cifrado conocido se realizó en la guerra entre Atenas y Esparta, y se llevaba a cabo enrollando una cinta en un rodillo denominado escitala y escribiendo en vertical el texto; posteriormente se añadían signos al azar en los huecos. Para descifrar el mensaje se envolvía una escitala de proporciones semejantes con la cinta. Durante el Imperio Romano se recurrió al método denominado César, consistente en reemplazar cada letra por la que ocupaba tres puestos más adelante en el abecedario.
León Baptista Alberti (hemos avanzado al siglo XV) conocía un defecto común a los sistemas que simplemente sustituyen letras: que se conservan sus proporciones; por ejemplo, en español la letra más frecuente es la E, seguida de la A, la O y la S, lo que nos puede dar muchas pistas sobre el contenido del mensaje. Para evitarlo inventó un método que hacía corresponder varios signos a cada letra, evitando que unos abundasen más que otros. Posteriormente se emplearon signos sin correspondencia, o incluso varias tablas. Nos cuenta Feijoo en su Teatro crítico universal:
Habiéndose interceptado en Francia, cuando ardían las guerras de la Liga, algunas cartas de España, escritas con caracteres voluntarios, en que se añadía la precaución de variar diferentes alfabetos dentro de una misma carta, lo que parece hacía absolutamente imposible la inteligencia a quien no tuviese la clave, las descifró Francisco Vieta, Matemático insigne, inventor de la Algebra especiosa. Muchos juzgaron esta hazaña, y no sin alguna verisimilitud, superior a toda humana industria, y según refiere Jacobo Augusto Thuano, los Españoles dieron algunas quejas en Roma, de que los Franceses usaban de artes diabólicas para penetrar sus secretos.
Se refiere al desciframiento por parte de François Viète del método empleado por los ejércitos de Felipe II en la guerra contra los hugonotes. En efecto, el rey español acusó a Enrique IV ante Pío V de utilizar la magia negra, y al padre del álgebra moderna de estar confabulado con el Diablo, por lo que merecía ser juzgado por el Santo Oficio. El Papa desestimó obviamente la queja.
